最好的治疗方法是应用抗生素。若直肠炎是因用抗生素而破坏正常肠道菌群所致，则选用灭滴灵或万古霉素，可消灭这些有害的致病菌。
对放射治疗或病因不明者，可采用皮质激素，如氢化可的松和另一种抗炎药5氨基水杨酸治疗，两者均可作为灌肠或栓剂用药。
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