三个月宝宝发烧39度

问题分析：这种情况可能是呼吸道感染引起的高热，多数是病毒或者细菌感染引起的发热，可能会引起高热惊厥，可能会影响孩子神经系统的发育，这种情况需要药物治疗的。

意见建议：一般可以进一步检查血常规，胸片进一步确诊，细菌感染可以用阿莫西林克拉维甲酸，阿奇霉素抗感染治疗，用复方锌布颗粒剂退热治疗，多喝水，可能改善症状，对症支持治疗。