这两种不是同一性质的医疗行为，灌肠的主要目的是为了做肠道检查或治疗，例如长期便秘的病人可以通过灌肠来促进大便排除，例如溃疡性结肠炎的病人可以用药物灌肠来治疗结肠炎，肠镜是用内窥镜来检查肠道是否有病变，主要起到检查的作用。
少数可以用肠镜进行肠道息肉切除的手术。
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