12岁男孩肚子两侧疼(运动时)有时会头晕怎么回事

你好，这种情况可能是由于神经官能症或者是功能性的疼痛所导致的上述情况，也有可能是由于贫血等导致的，但是仅仅根据你所描述的情况还不足以做出判断的。

建议到医院看看，进行血常规、彩超等相关的检查，务必尽可能明确一下病情，如果存在器质性疾病的话，积极进行针对性的治疗，避免误诊误治。