肛瘘引起的原因可因吃的过辛过辣的食物，刺激肠道不正常的排便，导致排便次数增多。临床上腹泻病、隐性肠病导致肠粘膜的破坏，增加了细菌在肛门部的滞留、感染。
肛隐窝线细菌的感染，形成了一种急慢性的感染，急性感染形成肛周脓肿，肛周脓肿变大了，后期破溃形成肛瘘。
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