木棉的根、茎抽取物可用做收敛剂、镇痛剂等，汁液可用以治疗痢疾，根皮、茎皮和刺，磨成粉制成药膏可用来治疗粉刺。木棉的树皮广东作海桐皮入药，称广东海桐皮。
味苦，性平，功能祛风湿，通经络，杀虫。治风湿痹痛，痢疾，牙痛，疥癣。
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