因病原不同而异。一般应根据流行学史和临床表现初步加以判断。进一步确诊需依赖实验室检查。病毒性胃肠炎可用电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光及血清学检查如补体结合试验、酶联免疫吸附法及放射免疫法等检查病毒的抗原和抗体。
也可用组织培养法分离病毒。寄生虫性肠炎可直接镜检,寻找病原体及其虫卵。
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