前两个半月，因为有严重细菌感染

前两个半月，因为有严重细菌感染，吃抗生素两个月，停了两周，医生说因为长期服用抗生素，导致体内菌群失衡，体内有大量的真菌导致咳嗽，停抗生素两周，咳嗽有好转，现在细菌感染的问题没有解决，还需要打吊针，但是打吊针又会使体内菌群失衡，咳嗽变得严重，请问大夫，是不是应该再等一周，等咳嗽好转，再打吊针，还是马上打吊针，来解决细菌感染的问题，应该怎么解决，谢谢！