巧克力囊肿3厘米，内分泌和输卵管都正常，会影响怀孕

病情分析：您好，巧克力囊肿会直接影响卵巢的功能，从而影响排卵，阻止正常受孕。卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种，一般我们又称之为“子宫内膜异位症，因为它是子宫内膜碎片漂移到卵巢而引发的疾病。

意见建议：如囊肿的直径小于5厘米，又不是肿瘤的话，那一般是功能性的囊肿的可能性比较大，不需要特别的治疗，只要密切随访就可以了，一般2-3个月复查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间。

如果囊肿的直径已经大于5厘米了，那么多为卵巢肿瘤了，一般需要手术治疗，药物治疗是不能起到治疗效果的。建议及时的检查针对治疗。

祝早日康复。