怀孕40天，有褐色分泌物

褐色分泌物代表了阴道少量流血，而怀孕后出现阴道少量流血多考虑有先兆流产或者宫外孕的可能，需要进一步检查明确诊断并积极治疗，建议可以先查超声，孕酮，如果超声能够见到宫内孕囊，可以用黄体酮保胎治疗，并注意休息，如果超声没有见到孕囊，可以定期复查，如果出现阴道流血增多或者下腹痛加重及时就诊。