请问怀孕九十天了，肚子不舒服。

问题分析：您好。您现在怀孕3个月左右，如果孕期有明显的腹痛，要警惕可能存在先兆流产或是胎儿发育异常等问题，再有有可能与胎盘位置，功能等有关系。

意见建议：所以如果腹痛症状比较明显和频繁的话，有必要及时到医院就诊检查一下来明确具体的原因，以便有异常可以及时采取相应的治疗措施。