大约50%的胚胎停育发生是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大、孕妇子宫畸形、盆腔感染与免疫病；
弱危险因素包括既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期咖啡因/吸烟/酒精暴露、肥胖、甲状腺功能不全等可能发生。
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