发病机制还不很清楚。多原因引起的毛囊破坏形成瘢痕，从而产生永久性秃发。近年来更倾向于斑秃是以自身免疫性疾病。体液免疫方面的改变包括非器官特异性自身抗体和器官特异性自身抗体。
已报告的有抗平滑肌抗体、抗核抗体(主要为斑点型、抗线粒体抗体、抗基底膜抗体及类风湿因子。
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