主要致病菌株是大肠杆菌和变形杆菌,其次为铜绿假单胞菌和变形杆菌,克雷白杆菌,产碱杆菌等其他革兰阴性菌,近年来人们注意到革兰阳性球菌(如葡萄球菌,肠球菌等)导致的老年人UTI也较常见,在泌尿系统结构或功能异常的老年人中,真菌(白色念球菌为主)或L型细菌的感染明显增加,体质衰弱或长期卧床的老年病人还可由各种非尿路致病菌或条件致病菌导致严重的UTI
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