肠菌群失调的治疗方法包括原发病的治疗、药物治疗、饮食治疗等。
1.积极治疗原发病，疾病引起的肠道菌群失调，一定要进行检查明确病因，积极治疗原发病，祛除病因后再进行肠道菌群的调理。如长期使用抗生素造成的菌群失调，需要停用抗生素；使用免疫抑制剂造成的身体抵抗力下降，肠道菌群失调，需要减少免疫抑制剂的使用。
2.药物治疗，肠道菌群失调后可以考虑使用益生菌类药物进行疗程治疗，如双歧杆菌、益生元制剂、枯草杆菌二联活菌片等。
3.饮食治疗，肠道菌群失调后，会出现大便异常，可能便秘，也可能腹泻。此时可以添加含有肠道益生菌的食物，如酸奶、配方奶粉等进行调理，坚持清淡易消化饮食，适当添加水果和蔬菜，促进肠道功能的恢复。
