病毒性的胃肠炎可以通过电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光和血清学检查。肠炎的检查还可以通过培养法分离病毒来检查。而寄生虫性肠炎就可以直接进行镜检，找到病原体和虫卵。
还有真菌性的肠炎就可以在病人的大便中进行涂片，在显微镜下检查真菌等。
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