术前的正确诊断实属困难，则非手术疗法亦难确定其疗效。Bearse曾认为：因碘化物对胃真菌病有效，故对可疑的胃真菌病患者亦可试服大剂量的碘化物。
在当前抗真菌药物已经大大发展的情况下，胃真菌病的治疗已完全改观。因真菌病而致出血或穿孔者，应立即手术治疗。
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