卵巢巧克力囊肿，现在怀孕了四十天

这种情况属于子宫内膜异位症，形成巧克力样囊肿，合并妊娠。巧克力囊肿属于异位内膜出血引起，随月经而增大，长时间反复出血，机化后形成囊肿，考虑到你的囊肿比较大，应该是有破裂的几率，但是在怀孕期间因月经停止，囊肿很可能会逐渐缩小，因此如果你已经有生育要求，建议保胎观察就可以，即使后期破裂，也不会有太严重影响。

待生育时进行剖腹产加囊肿核出术治疗即可，不过需要就诊外科待产。