失眠综合症的病理机制主要是大脑皮层细胞细胞内兴奋与抑制两种力量相互平衡失调的结果。失眠会导致大脑神经递质的化学物质减少，医学研究得出如果5羟色胺和去甲肾上腺素这两种神经递质之间不平衡，就可以导致抑郁症或焦虑症；
并且会导致情绪低落、动力下降以及食欲和性欲改变。
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